《刺客信条：奥德赛》的游戏总监Scott Phillips日前在接受采访时表示：“《奥德赛》和《起源》的故事并不直接相关，由于时间处在《起源》的400年前，兄弟会还没诞生，所以我们可以将故事的重点放在选择上，你不再受刺客信条约束，你将创造自己的信条。不过如果你杀人、撒谎或偷窃，游戏世界中也会有所反馈，你将被派遣来的雇佣军追捕，所以玩家在游戏中的选择会产生很大的影响。
《刺客信条：奥德赛》的故事发生在古希腊，一个充满神秘色彩和传奇的世界，在公元前5世纪斯巴达和雅典之间著名的伯罗奔尼撒战争时期。玩家将选择扮演“阿利克西欧斯”或“卡珊德拉”，一个被家族判处死刑，拥有斯巴达血统的雇佣兵，开启一段从一位年轻的被遗弃之人到传奇英雄的史诗旅程，并逐步揭开其神秘血统背后的真相。