虽然《合金装备3：重制版》旨在唤起人们对原版游戏的美好回忆，但该系列的制作人冈村宪明希望确保它不会像一款20年前的游戏。
在《Play》杂志第46期中，《合金装备3：重制版》制作人冈村宪明分享了自己对游戏的看法，他解释到：“我们重制这款游戏的全部目标是确保它仍然像你20年前玩的游戏一样，但又不会让你觉得它是一款老游戏。”
最初，冈村宪明认为游戏只需要升级图像，但在使用更现代的视觉效果观看游戏时，团队注意到“有些元素与新图像不能很好地融合在一起。”对于冈村宪明来说，简单地更新图像可能会失去一些原始游戏的感觉，他希望玩家觉得虽然视觉效果是新的，但这仍然是他们记忆中的游戏。
在冈村宪明看来，游戏的控制也需要更新。对于那些想要使用它们的人来说，经典的控制布局仍然是可用的，但一个“新型”的控制系统将使游戏与系列的最新作品保持一致。简而言之，这样做的目的是让老粉丝们感受到记忆中它的样子，但又不会让它显得老旧和笨重，让玩家比在原版游戏中更加无缝地控制斯内克。
冈村宪明还补充表示：“我们不想做任何不必要的改变，让人们失去那种体验。但与此同时，我们需要确保玩家在玩游戏时不会觉得游戏陈旧，就像他们在玩一款老游戏。（我们）确保当你玩这款游戏时，它在控制方面仍然与一些更现代的游戏相当，并且不会影响玩家的体验。”